管理世界的“fractale系统”完成后，人类成为了史上第一个步入了不用劳动就能生存的乐园的物种。从那以后的一千年，系统的寿命进入末期但仍在辛勤劳作，能够解析其系统的人已经所剩无几。更多的众人认为只有维持那个系统才是人类幸福的条件并且深信无疑。故事从某片大陆边缘角落的一个小岛上开始，那里的fractale正在一点点的崩坏……茫然度过每一天的少年·Crane，某天救了一个不知被什么人所追而滚下山崖的少女·Phryne。因与少女的相遇而心动的Crane。但少女只留下了一个项链的挂坠就从少年的面前消失。在挂坠里的存档里面有个名叫Nessa的少女，是个电子人偶。与Nessa一起Crane踏上寻找少女·Phryne的旅途。在那里少年知道了系统·Fractale的秘密……